自分もこの症状起きました。旧デコメーラー側で友達のごとに振り分けでフォルダを分けていたのですが、これが悪さをしていたようです。
自分の場合はmainフォルダのみにしたらうまくいきました。
振り分け先の中身をメインにコピーしてから振り分け先のフォルダを削除してメインのみにしてから再度実行すると設定は引き継がれました。
ただし、メールの移行はうまくいきませんでした。設定が引き継がれるだけマシかなぁと…。